Hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN là thủ tục cần thiết khi phát hiện sai sót trong việc khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, giúp tổ chức và cá nhân điều chỉnh kịp thời, tránh vi phạm quy định về quản lý thuế. Thủ tục này đảm bảo tính chính xác của chứng từ và bảo vệ quyền lợi người nộp thuế. Cùng ACC Hà Nội tìm hiểu cách thực hiện đúng quy định hiện hành.

1. Hướng dẫn hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Để thực hiện hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN, tổ chức chi trả thu nhập cần xác định rõ lý do hủy như sai sót về số tiền khấu trừ, thông tin người nộp thuế hoặc kỳ tính thuế. Quy trình bắt đầu bằng việc kiểm tra chứng từ gốc đã phát hành. Sau đó, đơn vị lập biên bản hủy và thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành.

Bước 1: Kiểm tra và xác định sai sót

Đơn vị chi trả thu nhập rà soát lại chứng từ khấu trừ thuế TNCN đã cấp, đối chiếu với dữ liệu kê khai thuế để xác định chính xác nội dung cần hủy. Nội dung giải thích chi tiết cần ghi rõ ngày cấp chứng từ, mã số thuế người nộp, số tiền khấu trừ và lý do hủy để đảm bảo hồ sơ đầy đủ.

Bước 2: Lập biên bản hủy chứng từ

Đơn vị soạn thảo biên bản hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN theo mẫu quy định, ghi rõ thông tin chứng từ bị hủy và lý do. Biên bản phải có chữ ký của người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền.

Bước 3: Gửi thông báo đến cơ quan thuế

Đơn vị gửi thông báo hủy chứng từ kèm biên bản đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn quy định. Việc gửi có thể thực hiện qua hệ thống khai thuế điện tử để đảm bảo tính pháp lý và lưu trữ.

Bước 4: Cấp chứng từ thay thế nếu cần

Sau khi được cơ quan thuế chấp nhận, đơn vị có thể cấp chứng từ khấu trừ mới thay thế nếu vẫn còn nghĩa vụ khấu trừ. Toàn bộ quá trình phải được ghi nhận vào sổ sách kế toán để phục vụ thanh tra sau này.

2. Các trường hợp thường gặp cần hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN thường xảy ra khi có sai lệch về số tiền khấu trừ do nhầm lẫn tính toán hoặc thay đổi thông tin cá nhân của người lao động.

Một số trường hợp khác bao gồm chứng từ cấp trùng hoặc không đúng đối tượng được khấu trừ theo Luật Thuế thu nhập cá nhân 2025. Doanh nghiệp cần phân loại rõ để chọn phương án xử lý phù hợp, tránh ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế cuối năm.

Xem thêm: Mẫu chứng từ khấu trừ thuế TNCN theo quy định mới nhất

3. Hồ sơ cần chuẩn bị khi thực hiện hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Hồ sơ bao gồm biên bản hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN, bản sao chứng từ gốc cần hủy, thông báo gửi cơ quan thuế và giấy tờ chứng minh lý do hủy như hợp đồng lao động điều chỉnh hoặc quyết định thu hồi. Danh sách hồ sơ cụ thể:

• Biên bản hủy chứng từ (02 bản)
• Bản sao chứng từ khấu trừ thuế TNCN
• Thông báo hủy theo mẫu
• Giấy ủy quyền nếu không phải người đại diện ký

Xem thêm: Không đăng ký mã số thuế cá nhân có bị xử phạt không?

4. Lưu ý quan trọng khi hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Đơn vị cần thực hiện đúng thời hạn quy định để tránh bị xử phạt theo Luật Quản lý thuế 2019. Việc hủy phải được phản ánh đầy đủ trong báo cáo quyết toán thuế thu nhập cá nhân hàng năm. Nên lưu trữ toàn bộ hồ sơ ít nhất 05 năm theo quy định hiện hành.

5. Câu hỏi thường gặp

Có thể hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN sau khi đã nộp quyết toán thuế không?

Có thể thực hiện nếu phát hiện sai sót trong thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế. Đơn vị cần nộp hồ sơ bổ sung và giải trình với cơ quan thuế để được chấp nhận điều chỉnh.

Hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN có ảnh hưởng đến người lao động không?

Việc hủy chỉ điều chỉnh chứng từ sai sót, không ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế cuối cùng của người lao động nếu đã được cấp chứng từ thay thế đúng quy định.

Đơn vị nào có thẩm quyền hướng dẫn chi tiết thủ tục hủy?

Cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đơn vị chi trả thu nhập đăng ký mã số thuế có thẩm quyền hướng dẫn và tiếp nhận hồ sơ theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hủy chứng từ khấu trừ thuế TNCN đòi hỏi sự chính xác và tuân thủ nghiêm ngặt để tránh rủi ro pháp lý. Liên hệ ACC Hà Nội để được hỗ trợ chi tiết và thực hiện thủ tục nhanh chóng, đảm bảo tuân thủ pháp luật.