Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế là vấn đề được nhiều doanh nghiệp quan tâm khi sử dụng hóa đơn điện tử. Việc xác định tính hợp lệ giúp tránh các rủi ro về thuế và kế toán. Doanh nghiệp cần nắm rõ quy định để áp dụng đúng trong thực tế. Cùng ACC Hà Nội tìm hiểu chi tiết vấn đề này.

1. Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế có hợp lệ không?

Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế có thể hợp lệ nếu được lập bởi người bán thuộc trường hợp được sử dụng hóa đơn điện tử không có mã và đáp ứng đầy đủ quy định về đăng ký sử dụng, nội dung, định dạng dữ liệu và lập hóa đơn. Theo khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, pháp luật quy định cụ thể các trường hợp được sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế.

Khi tiếp nhận hóa đơn không có mã, doanh nghiệp cần kiểm tra thông tin người bán, người mua, hàng hóa hoặc dịch vụ, giá trị, thuế suất và các nội dung bắt buộc khác. Điều 10 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định về nội dung của hóa đơn, là căn cứ để kiểm tra tính đầy đủ của hóa đơn điện tử.

2. Các trường hợp được phép sử dụng hóa đơn không có mã của cơ quan thuế

Theo khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, một số doanh nghiệp, tổ chức hoạt động trong các lĩnh vực như điện lực, xăng dầu, bưu chính, viễn thông, nước sạch, tài chính ngân hàng, chứng khoán, thương mại điện tử, kinh doanh siêu thị, thương mại, vận tải và một số trường hợp đáp ứng điều kiện về hệ thống công nghệ thông tin, kế toán được sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế. Việc áp dụng phải đúng đối tượng và điều kiện mà quy định đặt ra.

Doanh nghiệp trước khi sử dụng cần xác định đúng trường hợp của mình và thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định. Điều 4 và Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP là căn cứ quan trọng để xác định loại hóa đơn điện tử và trường hợp được sử dụng hóa đơn không có mã.

Xem thêm: Mức phạt chậm nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất là bao nhiêu?

3. Rủi ro khi sử dụng hóa đơn không có mã của cơ quan thuế không đúng quy định

Việc sử dụng hóa đơn không có mã khi không thuộc trường hợp được phép hoặc lập hóa đơn không đáp ứng các yêu cầu bắt buộc có thể dẫn đến rủi ro về hóa đơn và nghĩa vụ thuế. Tùy hành vi và mức độ vi phạm, doanh nghiệp có thể phải thực hiện xử lý hóa đơn, điều chỉnh kê khai hoặc chịu chế tài theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và hóa đơn.

Doanh nghiệp cũng cần kiểm soát tính chính xác của thông tin trên hóa đơn, việc truyền nhận dữ liệu và lưu trữ hóa đơn điện tử. Trường hợp hóa đơn có sai sót, doanh nghiệp thực hiện xử lý theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, trong đó quy định phương án xử lý đối với hóa đơn điện tử có sai sót.

Xem thêm: Cách tính thuế giá trị gia tăng cho từng trường hợp cụ thể

4. Cách kiểm tra và xử lý hóa đơn không có mã của cơ quan thuế

Doanh nghiệp có thể kiểm tra thông tin hóa đơn điện tử thông qua hệ thống tra cứu, tiếp nhận dữ liệu hóa đơn điện tử của cơ quan thuế hoặc phần mềm hóa đơn điện tử đang sử dụng. Việc kiểm tra cần kết hợp giữa dữ liệu điện tử và chứng từ giao dịch thực tế để đánh giá tính phù hợp của hóa đơn.

Bước 1: Truy cập cổng thông tin điện tử thuế

Doanh nghiệp sử dụng kênh tra cứu hóa đơn điện tử phù hợp để kiểm tra thông tin của hóa đơn. Cần đối chiếu số hóa đơn, ký hiệu, ngày lập, thông tin người bán và các dữ liệu liên quan với hóa đơn đã nhận. Trường hợp không tra cứu được hoặc thông tin có dấu hiệu bất thường, doanh nghiệp nên kiểm tra lại với người bán và đơn vị cung cấp giải pháp hóa đơn.

Bước 2: Đối chiếu nội dung hóa đơn với quy định

Doanh nghiệp kiểm tra các nội dung bắt buộc trên hóa đơn theo Điều 10 Nghị định 254/2026/NĐ-CP và đối chiếu với hợp đồng, đơn hàng, biên bản giao nhận hoặc chứng từ liên quan. Đặc biệt cần kiểm tra tên, mã số thuế của các bên, hàng hóa, dịch vụ, số lượng, đơn giá, tiền thuế và tổng thanh toán nếu thuộc trường hợp phải thể hiện.

Bước 3: Lưu trữ và báo cáo định kỳ

Hóa đơn điện tử phải được lưu trữ và bảo đảm khả năng truy xuất theo quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ và kế toán. Trường hợp hóa đơn là chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính thì thực hiện thời hạn lưu trữ theo Điều 41 Luật Kế toán 2015. Các nghĩa vụ kê khai, báo cáo liên quan được thực hiện theo chế độ áp dụng cho từng trường hợp, không phải mọi doanh nghiệp đều có một báo cáo riêng về hóa đơn không mã.

Bước 4: Tham vấn chuyên gia khi phát hiện sai sót

Khi phát hiện hóa đơn có sai sót hoặc có nghi vấn về tính hợp lệ, doanh nghiệp cần xác định nguyên nhân và áp dụng phương án xử lý phù hợp theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC. Tùy nội dung sai sót và tình trạng kê khai, việc xử lý có thể khác nhau. Trường hợp phức tạp, doanh nghiệp nên rà soát hồ sơ cùng kế toán hoặc đơn vị tư vấn để hạn chế ảnh hưởng đến kê khai thuế.

5. Câu hỏi thường gặp

Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế có được khấu trừ thuế GTGT không?

Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế không bị loại khỏi điều kiện khấu trừ thuế GTGT chỉ vì không có mã. Theo Điều 13 và Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024, được sửa đổi, bổ sung, việc khấu trừ thuế đầu vào được xem xét trên cơ sở hóa đơn, chứng từ và các điều kiện khấu trừ theo quy định, trong đó có điều kiện về thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp phải áp dụng.

Doanh nghiệp nào bắt buộc phải chuyển sang hóa đơn có mã của cơ quan thuế?

Việc sử dụng hóa đơn có mã hay không có mã phụ thuộc vào đối tượng, hoạt động kinh doanh và điều kiện áp dụng theo Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Một số trường hợp không đáp ứng điều kiện sử dụng hóa đơn không có mã hoặc thuộc trường hợp phải sử dụng hóa đơn có mã thì doanh nghiệp phải thực hiện theo loại hóa đơn tương ứng.

Thời hạn lưu trữ hóa đơn không có mã của cơ quan thuế là bao lâu?

Hóa đơn không có mã được lưu trữ theo quy định về hóa đơn, chứng từ và kế toán, không có một thời hạn riêng chỉ vì hóa đơn thuộc loại không có mã. Trường hợp hóa đơn là chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính thì thực hiện thời hạn lưu trữ theo khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015. Doanh nghiệp cần bảo đảm dữ liệu hóa đơn được lưu giữ đầy đủ, an toàn và có thể truy xuất khi cần thiết.

Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế cần được doanh nghiệp xem xét kỹ lưỡng để đảm bảo tính hợp lệ trong mọi giao dịch. Việc nắm rõ quy định từ Luật Quản lý thuế 2025, Nghị định số 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý. Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ chặt chẽ. Liên hệ ACC Hà Nội để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ xử lý các vấn đề liên quan đến hóa đơn không có mã của cơ quan thuế.