Hạch toán kế toán dịch vụ y tế là một nhiệm vụ quan trọng giúp các cơ sở y tế đảm bảo minh bạch tài chính, tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa quản lý. Bài viết này sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết về quy trình, căn cứ pháp lý và các lưu ý cần thiết. Cùng ACC Hà Nội khám phá cách thực hiện hạch toán kế toán hiệu quả trong lĩnh vực y tế.

1. Đặc điểm của kế toán trong các cơ sở dịch vụ y tế

Kế toán trong lĩnh vực y tế có những đặc thù riêng biệt so với các ngành khác, chủ yếu do tính chất nhạy cảm của dịch vụ khám chữa bệnh và quy định pháp lý nghiêm ngặt.

Các cơ sở y tế như phòng khám đa khoa phải quản lý chặt chẽ doanh thu từ dịch vụ y tế, chi phí vật tư y tế và tồn kho thuốc men, đồng thời tuân thủ các quy định về hóa đơn điện tử và báo cáo tài chính.

Đặc biệt, theo Luật Khám bệnh, chữa bệnh mới nhất áp dụng từ năm 2026, các cơ sở y tế phải tích hợp hệ thống thông tin bệnh viện (HIS) để kết nối dữ liệu với phần mềm kế toán, đảm bảo minh bạch hóa doanh thu từ hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền và đối chiếu với dữ liệu khám bệnh thực tế.

Ngoài ra, thuế GTGT đối với dịch vụ y tế thuộc đối tượng không chịu thuế, nên thuế GTGT đầu vào của các chi phí liên quan sẽ không được khấu trừ mà phải tính vào nguyên giá hoặc chi phí sản xuất kinh doanh.

2. Tầm quan trọng của hạch toán kế toán dịch vụ y tế

Việc hạch toán kế toán dịch vụ y tế trong lĩnh vực y tế không chỉ là yêu cầu pháp lý mà còn là công cụ giúp các cơ sở y tế quản lý nguồn lực tài chính một cách hiệu quả.

Với sự cạnh tranh ngày càng cao giữa các bệnh viện công và tư, cùng sự tham gia của các nhà đầu tư quốc tế, việc áp dụng đúng các nguyên tắc kế toán là yếu tố then chốt để đảm bảo tính minh bạch và hiệu quả hoạt động. Hạch toán kế toán dịch vụ y tế giúp các cơ sở y tế phản ánh đầy đủ, chính xác các giao dịch kinh tế phát sinh, từ chi phí khám chữa bệnh đến quản lý tồn kho thuốc.

Theo Luật Kế toán 2015, các đơn vị y tế phải tuân thủ các quy định về ghi chép, lập báo cáo tài chính và kê khai thuế. Việc thực hiện đúng giúp tránh các rủi ro pháp lý như bị phạt do sai sót trong kê khai thuế hoặc không tuân thủ quy định về báo cáo tài chính.

Công tác kế toán dịch vụ y tế còn đóng vai trò quan trọng trong việc đảm bảo quyền lợi của bệnh nhân. Các hóa đơn, chứng từ được lập đúng quy định giúp minh bạch hóa chi phí dịch vụ, từ đó xây dựng niềm tin với khách hàng. Đặc biệt, các cơ sở y tế công còn phải tuân thủ các quy định về quản lý tài sản công theo Luật Quản lý, sử dụng tài sản công năm 2017, đảm bảo sử dụng hiệu quả nguồn ngân sách nhà nước.

Xem thêm: Khám nghĩa vụ quân sự gồm những gì? Tìm hiểu chi tiết

3. Hạch toán kế toán dịch vụ y tế như thế nào?

Hạch toán kế toán dịch vụ y tế đòi hỏi sự hiểu biết sâu sắc về các quy định pháp luật và đặc thù của ngành y tế. Dưới đây là quy trình chi tiết, dựa trên Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp và Thông tư 133/2016/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Bước 1: Ghi nhận doanh thu từ dịch vụ y tế

Doanh thu từ dịch vụ y tế bao gồm các khoản thu từ khám chữa bệnh, bán thuốc, xét nghiệm và các dịch vụ khác. Theo quy định, các dịch vụ y tế thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, do đó hóa đơn GTGT phải ghi rõ giá thanh toán, dòng thuế suất và số thuế GTGT gạch bỏ. Khi ghi nhận doanh thu, kế toán viên cần sử dụng tài khoản 511 (doanh thu bán hàng và cung cấp dịch vụ). Ví dụ, khi bệnh nhân thanh toán chi phí khám bệnh, kế toán ghi: Nợ TK 111, 112 (tiền mặt, tiền gửi ngân hàng) / Có TK 511 (doanh thu dịch vụ y tế).

Bước 2: Hạch toán chi phí dịch vụ y tế

Chi phí trong lĩnh vực y tế bao gồm chi phí thuốc, vật tư y tế, lương nhân viên, chi phí vận hành và khấu hao tài sản cố định. Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, các chi phí này được hạch toán vào các tài khoản như TK 621 (chi phí nguyên vật liệu trực tiếp), TK 622 (chi phí nhân công trực tiếp), TK 627 (chi phí sản xuất chung) và TK 641, 642 (chi phí bán hàng và quản lý). Ví dụ, khi mua thuốc, kế toán ghi: Nợ TK 152 (nguyên vật liệu) / Có TK 111, 112, 331 (tiền mặt, tiền gửi hoặc công nợ nhà cung cấp).

Bước 3: Quản lý tồn kho thuốc và vật tư y tế

Quản lý tồn kho là một phần quan trọng trong hạch toán kế toán dịch vụ y tế, đặc biệt với các bệnh viện và phòng khám có lượng thuốc và vật tư lớn. Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, tồn kho được hạch toán vào TK 152 và cần được kiểm kê định kỳ để đảm bảo số liệu khớp với thực tế. Các phần mềm kế toán hiện đại có thể tự động hóa việc tính giá thành và quản lý tồn kho, giúp giảm thiểu sai sót. Ví dụ, khi xuất kho thuốc để sử dụng, kế toán ghi: Nợ TK 621 / Có TK 152.

Bước 4: Lập báo cáo tài chính và quyết toán thuế

Cuối kỳ kế toán, các cơ sở y tế cần lập báo cáo tài chính theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, bao gồm bảng cân đối kế toán, báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh và thuyết minh báo cáo tài chính. Đối với thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), các cơ sở y tế cần kê khai và nộp thuế theo quy định hiện hành. Các khoản thu nhập từ hoạt động xã hội hóa trong lĩnh vực y tế có thể được miễn thuế TNDN theo quy định. Kế toán viên cần kết chuyển doanh thu, chi phí và xác định kết quả kinh doanh: Nợ TK 511 / Có TK 911 (kết chuyển doanh thu); Nợ TK 911 / Có TK 632 (kết chuyển giá vốn).

Bước 5: Kê khai và khấu trừ thuế GTGT

Mặc dù dịch vụ y tế không chịu thuế GTGT, một số hoạt động như cung cấp dịch vụ xét nghiệm hoặc cấp chứng chỉ không thuộc quy trình khám chữa bệnh có thể phải chịu thuế GTGT. Kế toán viên cần phân biệt rõ các hoạt động chịu thuế và không chịu thuế để lập hóa đơn đúng quy định. Ví dụ, khi cung cấp dịch vụ xét nghiệm được lập hóa đơn, kế toán ghi: Nợ TK 111, 112 / Có TK 511 và TK 3331 (thuế GTGT đầu ra).

Xem thêm: Chi nhánh công ty có tư cách pháp nhân không? Chi tiết

4. Ứng dụng công nghệ trong hạch toán kế toán dịch vụ y tế

Sự phát triển của công nghệ thông tin đã thay đổi cách thức hạch toán kế toán dịch vụ y tế, giúp tự động hóa các quy trình và giảm thiểu sai sót.

Sử dụng phần mềm kế toán chuyên nghiệp như MISA, Fast hoặc các hệ thống ERP giúp các cơ sở y tế tự động hóa các thao tác như nhập liệu, lập báo cáo tài chính và quản lý tồn kho. Theo Thông tư 24/2024/TT-BTC, các đơn vị kế toán được phép tự thiết kế mẫu sổ kế toán phù hợp với yêu cầu quản lý, miễn là đáp ứng các yếu tố tối thiểu.

Tuy nhiên, việc áp dụng công nghệ cũng đặt ra thách thức về trình độ của nhân viên kế toán. Theo Thông tư 24/2024/TT-BTC, các đơn vị cần đảm bảo nhân viên có hiểu biết cơ bản về công nghệ thông tin để tránh mất kiểm soát dữ liệu. Các cơ sở y tế nên tổ chức các khóa đào tạo để nâng cao kỹ năng cho kế toán viên.

5. Câu hỏi thường gặp

Phòng khám có phải xuất hóa đơn cho từng bệnh nhân không?

Có. Theo quy định về hóa đơn điện tử mới nhất năm 2026, các cơ sở y tế phải xuất hóa đơn cho mỗi lần cung cấp dịch vụ, ngay cả khi bệnh nhân không lấy hóa đơn.

Chi phí thuốc tại phòng khám hạch toán vào 156 hay 152?

Nếu thuốc dùng để điều trị trực tiếp cho bệnh nhân (nằm trong gói dịch vụ), hạch toán vào TK 152. Nếu thuốc bán lẻ tại quầy thuốc của phòng khám, hạch toán vào TK 156.

Khấu hao máy móc y tế có được tính là chi phí hợp lý không?

Được. Tuy nhiên phải có đầy đủ giấy tờ nhập khẩu, giấy phép sử dụng thiết bị y tế và tuân thủ khung thời gian khấu hao theo Thông tư 45/2013/TT-BTC.

Dịch vụ y tế có phải chịu thuế GTGT không?

Theo quy định, các dịch vụ khám chữa bệnh, phòng bệnh và phục hồi chức năng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, các dịch vụ như xét nghiệm hoặc cấp chứng chỉ không thuộc quy trình khám chữa bệnh có thể phải chịu thuế GTGT 10%. Kế toán viên cần phân biệt rõ để lập hóa đơn đúng quy định.

Làm thế nào để quản lý tồn kho thuốc hiệu quả?

Quản lý tồn kho thuốc yêu cầu kiểm kê định kỳ và sử dụng phần mềm kế toán để theo dõi nhập, xuất kho. Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, tồn kho được hạch toán vào TK 152, và việc xuất kho phải được ghi nhận chính xác vào giá vốn. Sử dụng phần mềm kế toán giúp giảm thiểu sai sót và tối ưu hóa quản lý.

Hạch toán kế toán dịch vụ y tế không chỉ là yêu cầu bắt buộc mà còn là công cụ quan trọng giúp các cơ sở y tế vận hành hiệu quả và minh bạch. Việc tuân thủ các quy định pháp luật, đảm bảo tính chính xác và hợp pháp trong công tác kế toán. Để được tư vấn chi tiết hoặc giải đáp các thắc mắc liên quan, hãy liên hệ  ACC Hà Nội ngay hôm nay!