Đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế là bước khởi đầu bắt buộc để doanh nghiệp, hộ kinh doanh chính thức sử dụng hóa đơn điện tử hợp pháp trong hoạt động sản xuất, kinh doanh. Việc nắm rõ quy trình, hồ sơ và các yêu cầu pháp lý giúp người nộp thuế tránh được rủi ro bị xử phạt hành chính và gián đoạn hoạt động xuất hóa đơn. Trong bài viết này, ACC Hà Nội sẽ hướng dẫn chi tiết từng bước thực hiện theo quy định mới nhất.

1. Thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế

Thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế được thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2025, Nghị định số 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. Quy trình đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế được thực hiện theo các bước cụ thể sau đây:

Bước 1: Chuẩn bị chữ ký số và tài khoản giao dịch thuế điện tử

Người nộp thuế cần có chữ ký số hợp lệ và đã được đăng ký với cơ quan thuế. Đồng thời, doanh nghiệp cần có tài khoản giao dịch thuế điện tử đang hoạt động trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Nếu chưa có tài khoản, cần thực hiện đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử trước.

Bước 2: Lập tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Người nộp thuế truy cập Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, đăng nhập bằng chữ ký số, và lập tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo mẫu quy định. Các thông tin cần kê khai bao gồm loại hóa đơn, phương thức sử dụng, và thông tin tổ chức cung cấp dịch vụ nếu có.

Bước 3: Ký số và gửi tờ khai đến cơ quan thuế

Sau khi hoàn tất việc kê khai, người nộp thuế thực hiện ký số trên tờ khai và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp thông qua hệ thống điện tử. Hệ thống sẽ ghi nhận thời điểm nộp hồ sơ và gửi thông báo xác nhận đã tiếp nhận.

Bước 4: Theo dõi kết quả xử lý từ cơ quan thuế

Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ và thực hiện kiểm tra tính hợp lệ. Thời gian xử lý thông thường là 01 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ hợp lệ. Kết quả được gửi qua hệ thống điện tử, bao gồm thông báo chấp thuận hoặc yêu cầu chỉnh sửa, bổ sung.

Bước 5: Nhận thông báo chấp thuận và bắt đầu sử dụng hóa đơn

Khi nhận được thông báo chấp thuận từ cơ quan thuế, người nộp thuế chính thức được phép phát hành và sử dụng hóa đơn điện tử theo loại đã đăng ký. Doanh nghiệp cần lưu trữ thông báo chấp thuận để phục vụ công tác kiểm tra, đối chiếu khi cần thiết.

2. Đối tượng phải thực hiện đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế

Theo quy định tại Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, các đối tượng sau đây phải thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử:

• Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam có hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.
• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thuộc diện phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo quy định.
• Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc trường hợp đang sử dụng hóa đơn giấy, hóa đơn tự in, hóa đơn đặt in chuyển đổi sang sử dụng hóa đơn điện tử.
• Tổ chức, cá nhân mua hóa đơn của cơ quan thuế chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thường được thực hiện đồng thời với thủ tục đăng ký thuế ban đầu hoặc ngay sau khi được cấp mã số thuế. Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động, việc đăng ký phải hoàn tất trước thời điểm bắt buộc chuyển đổi theo quy định.

Xem thêm: Hướng dẫn đăng ký chữ ký số với cơ quan thuế

3. Hồ sơ cần chuẩn bị khi đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế

Hồ sơ được lập và gửi bằng phương thức điện tử, bao gồm các tài liệu chính sau:

• Tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo mẫu quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC, trong đó nêu rõ loại hóa đơn đăng ký sử dụng, phương thức truyền dữ liệu, và thông tin tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử (nếu có).
• Thông tin chữ ký số của người nộp thuế hoặc người đại diện theo pháp luật, đảm bảo chữ ký số còn hiệu lực và đã được đăng ký với cơ quan thuế.
• Quyết định thành lập doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (bản scan) đối với trường hợp cơ quan thuế yêu cầu bổ sung.
• Thông tin tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp để phục vụ việc đối chiếu khi cần thiết.
• Văn bản ủy quyền trong trường hợp người nộp thuế ủy quyền cho tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử thực hiện thủ tục đăng ký thay.

Xem thêm: Cách đăng ký email với cơ quan thuế chi tiết

4. Chi phí thực hiện đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế

Về nguyên tắc, việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử với cơ quan thuế không phát sinh lệ phí nhà nước. Người nộp thuế không phải nộp bất kỳ khoản phí nào cho cơ quan thuế khi thực hiện thủ tục này.

Tuy nhiên, trong thực tế, doanh nghiệp có thể phát sinh các chi phí liên quan như sau:

• Chi phí mua chữ ký số: Đây là chi phí bắt buộc để thực hiện giao dịch điện tử với cơ quan thuế, bao gồm cả việc ký tờ khai đăng ký hóa đơn điện tử.
• Chi phí thuê tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử: Nếu doanh nghiệp lựa chọn sử dụng dịch vụ của bên thứ ba để phát hành và truyền dữ liệu hóa đơn, sẽ phát sinh phí dịch vụ theo thỏa thuận.
• Chi phí tư vấn, hỗ trợ thủ tục: Trường hợp doanh nghiệp sử dụng dịch vụ tư vấn pháp lý hoặc dịch vụ hỗ trợ đăng ký từ các đơn vị chuyên nghiệp.

5. Dịch vụ hỗ trợ đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế tại ACC Hà Nội

Sử dụng dịch vụ hỗ trợ đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế tại ACC Hà Nội mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp mới thành lập hoặc chưa có kinh nghiệm trong lĩnh vực thuế.

• Tiết kiệm chi phí: Doanh nghiệp không phải đầu tư nhân sự chuyên trách để nghiên cứu quy định và thực hiện thủ tục, tránh được các sai sót dẫn đến việc hồ sơ bị trả lại nhiều lần.
• Đội ngũ chuyên gia: ACC Hà Nội có đội ngũ chuyên viên am hiểu sâu về lĩnh vực thuế và hóa đơn điện tử, thường xuyên cập nhật các quy định mới nhất để tư vấn chính xác cho khách hàng.
• Tư vấn chuyên sâu: Khách hàng được giải đáp đầy đủ các thắc mắc liên quan đến lựa chọn loại hóa đơn, phương thức truyền dữ liệu, và các nghĩa vụ phát sinh sau khi đăng ký.
• Hỗ trợ toàn diện: ACC Hà Nội đồng hành cùng doanh nghiệp từ khâu chuẩn bị hồ sơ, kê khai, nộp hồ sơ đến khi nhận được thông báo chấp thuận từ cơ quan thuế, đảm bảo quá trình diễn ra suôn sẻ.

6. Câu hỏi thường gặp

Thời gian cơ quan thuế xử lý hồ sơ đăng ký hóa đơn điện tử là bao lâu?

Theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế có trách nhiệm phản hồi kết quả xử lý hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ hợp lệ. Trường hợp hồ sơ cần bổ sung, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo nêu rõ nội dung cần chỉnh sửa.

Doanh nghiệp có thể đăng ký sử dụng đồng thời nhiều loại hóa đơn điện tử không?

Doanh nghiệp có thể đăng ký sử dụng nhiều loại hóa đơn điện tử khác nhau tùy theo nhu cầu hoạt động kinh doanh. Tuy nhiên, mỗi loại hóa đơn phải được kê khai rõ ràng trên tờ khai đăng ký và được cơ quan thuế chấp thuận trước khi sử dụng.

Sau khi đăng ký thành công, doanh nghiệp có cần thực hiện thủ tục gì thêm không?

Sau khi được cơ quan thuế chấp thuận, doanh nghiệp cần phối hợp với tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử (nếu có) để hoàn tất việc kết nối kỹ thuật và kiểm thử phát hành hóa đơn. Đồng thời, doanh nghiệp phải tuân thủ nghĩa vụ truyền dữ liệu hóa đơn đến cơ quan thuế theo đúng thời hạn quy định.

Đăng ký hóa đơn điện tử với cơ quan thuế là thủ tục pháp lý quan trọng mà mọi doanh nghiệp, hộ kinh doanh cần hoàn tất để đảm bảo hoạt động xuất hóa đơn hợp pháp và liên tục. Để được hỗ trợ nhanh chóng và chính xác, quý khách hàng vui lòng liên hệ ACC Hà Nội để được tư vấn chi tiết.