Thuốc chữa bệnh có chịu thuế GTGT không là vấn đề được nhiều doanh nghiệp dược phẩm và cơ sở y tế quan tâm khi thực hiện nghĩa vụ thuế. Việc xác định đúng mức thuế giá trị gia tăng áp dụng cho thuốc chữa bệnh giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật và tối ưu chi phí. Cùng ACC Hà Nội tìm hiểu chi tiết quy định hiện hành.

1. Theo quy định thuốc chữa bệnh có chịu thuế GTGT không?

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, thuốc chữa bệnh thuộc nhóm hàng hóa được áp dụng thuế suất ưu đãi. Cụ thể, các loại thuốc phục vụ điều trị bệnh được quy định tại Điều khoản liên quan của luật này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với mức thuế suất 5%.

Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn chi tiết việc phân loại thuốc chữa bệnh để áp dụng thuế suất, trong đó yêu cầu doanh nghiệp phải căn cứ vào giấy phép lưu hành và danh mục thuốc do Bộ Y tế ban hành.

Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định thêm về cách tính thuế GTGT đối với thuốc nhập khẩu và thuốc sản xuất trong nước, đảm bảo tính minh bạch trong kê khai. Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ đặc tính của từng loại thuốc để xác định đúng thuế suất thay vì áp dụng mức 10% thông thường.

2. Các trường hợp thuốc chữa bệnh được miễn thuế GTGT

Dù thuốc chữa bệnh thường chịu thuế GTGT 5%, một số trường hợp đặc biệt được miễn theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Các loại thuốc viện trợ nhân đạo, thuốc dùng cho chương trình y tế quốc gia hoặc thuốc dành cho người nghèo theo quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP thuộc diện miễn thuế.

Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn thủ tục xin miễn thuế, yêu cầu hồ sơ bao gồm giấy tờ chứng minh nguồn gốc và mục đích sử dụng. Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ giấy phép nhập khẩu và xác nhận từ cơ quan y tế để được áp dụng miễn thuế. Việc phân biệt rõ các trường hợp này giúp tránh sai sót khi kê khai thuế.

Xem thêm: Trái cây có chịu thuế GTGT hay không?

3. Cách tính thuế GTGT đối với thuốc chữa bệnh

Việc tính thuế GTGT cho thuốc chữa bệnh được thực hiện theo quy trình rõ ràng. Doanh nghiệp xác định giá tính thuế dựa trên giá bán chưa có thuế GTGT theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Sau đó áp dụng mức thuế suất 5% như hướng dẫn tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định cách khấu trừ thuế đầu vào đối với nguyên liệu sản xuất thuốc. Kết quả tính thuế phải được ghi rõ trong hóa đơn GTGT và kê khai định kỳ với cơ quan thuế. Việc tuân thủ đúng quy trình giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro bị xử phạt.

Xem thêm: Cách chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT

4. Lưu ý khi kê khai thuế GTGT cho thuốc chữa bệnh

Doanh nghiệp cần chú ý cập nhật thường xuyên các thay đổi trong Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 để đảm bảo kê khai chính xác. Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, thuốc chữa bệnh phải được phân loại đúng mã hàng hóa trước khi tính thuế. Thông tư 69/2025/TT-BTC yêu cầu lưu trữ chứng từ liên quan tối thiểu 5 năm.

Việc kiểm tra định kỳ danh mục thuốc và hợp đồng mua bán giúp phát hiện sai sót sớm. Doanh nghiệp nên tham khảo ý kiến chuyên gia để áp dụng đúng quy định và tránh các khoản phạt không đáng có.

5. Câu hỏi thường gặp

Thuốc chữa bệnh nhập khẩu có chịu thuế GTGT giống thuốc sản xuất trong nước không?

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, thuốc nhập khẩu và thuốc sản xuất trong nước đều chịu thuế GTGT 5% nếu thuộc danh mục thuốc chữa bệnh. Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định thêm về cách tính thuế đối với thuốc nhập khẩu, bao gồm cả thuế nhập khẩu làm căn cứ tính thuế GTGT.

Doanh nghiệp có được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi mua thuốc chữa bệnh không?

Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 cho phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu thuốc được sử dụng cho hoạt động kinh doanh chịu thuế. Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn điều kiện khấu trừ, yêu cầu hóa đơn hợp lệ và chứng từ chứng minh mục đích sử dụng.

Thuốc chữa bệnh bán cho bệnh viện có áp dụng thuế suất nào?

Thuốc chữa bệnh bán cho bệnh viện vẫn chịu thuế GTGT 5% theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định trường hợp bán thuốc cho các cơ sở y tế công lập vẫn áp dụng mức thuế suất thông thường. Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn cách xuất hóa đơn và kê khai thuế đối với giao dịch này.

Thuốc chữa bệnh có chịu thuế GTGT không là câu hỏi cần được giải đáp chính xác để doanh nghiệp tuân thủ pháp luật. Việc nắm rõ quy định giúp tối ưu chi phí và tránh rủi ro pháp lý. Liên hệ ACC Hà Nội để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ thủ tục thuế kịp thời.